综合保税区是我国目前开放层次最高、优惠政策最多、功能最齐全、手续最简化的海关特殊监管区域。根据现行有关政策，海关对综合保税区实行封闭管理，境外货物入区保税或免税，货物出区进入境内区外销售按货物进口的有关规定办理报关手续；境内区外货物入区视同出口，实行退税；区内企业之间的货物交易免征增值税和消费税。 

规划调整后赣州综合保税区位于赣州市南康区深赣合作核心区，毗邻赣州国际陆港，占地面积约1.308平方公里（合1962亩）。赣州综合保税区将依托赣州国际陆港，着力发挥港区联动效应，突出海关特殊监管区域功能与现有赣州产业基础。重点发展高新电子、木材加工、家居制造，粮谷加工，生物制药，平行进口车的改装和维修，大力推动跨境电商和进出口商品展示展销中心建设，打造具有赣州综合保税区特色的“物流仓储中心、国际贸易中心、分拨集散中心、保税加工中心、维修研发中心”的五大功能中心，把赣州综合保税区建设成赣州对外开放新高地。